- by 浩瑞研发
基于PacBio测序平台,以特定生境中整个微生物群落为研究对象,不需要对微生物进行分离培养,而是提取环境样本中总DNA进行研究,它包含了可培养的和不可培养(99%)的微生物的基因,即环境中全部微小生物遗传物质的总和。能满足常规的微生物的物种分类研究、群落结构、系统进化和功能基因分析等。
案例1:案例. PacBio HiFi 数据对II型糖尿病肠道微生物区系的宏基因组分析揭示了分类学和功能上的差异
研究背景
在过去的十年里,越来越多的证据表明,人类微生物群在健康中发挥着重要作用。肠道微生物失衡似乎与II型糖尿病
(T2 DM)和心血管疾病有关,冠心病(CAD)是T2 DM患者长期预后的主要决定因素,当存在时死亡风险增加2-4倍。然
而,与疾病有关的确切微生物菌株和功能还需要进一步研究。
研究方法
对9名参与者(3个健康、3个非CAD的T2 DM患者、3个CAD的T2 DM患者)的样在PacBio Sequel II平台测序,并进行
宏基因组组装、分类和功能分析。
研究结果
揭示了T2 DM与健康肠道微生物区系在分类学和功能上的重要差异。此外,长HIFI序列的宏基因组组装使许多完整
的MAG和大量完整的环状细菌染色体序列得以恢复。
- by 浩瑞研发
基于PacBio测序平台,以特定生境中整个微生物群落为研究对象,不需要对微生物进行分离培养,而是提取环境样本中总DNA进行研究,它包含了可培养的和不可培养(99%)的微生物的基因,即环境中全部微小生物遗传物质的总和。能满足常规的微生物的物种分类研究、群落结构、系统进化和功能基因分析等。
案例1:案例. PacBio HiFi 数据对II型糖尿病肠道微生物区系的宏基因组分析揭示了分类学和功能上的差异
研究背景
在过去的十年里,越来越多的证据表明,人类微生物群在健康中发挥着重要作用。肠道微生物失衡似乎与II型糖尿病
(T2 DM)和心血管疾病有关,冠心病(CAD)是T2 DM患者长期预后的主要决定因素,当存在时死亡风险增加2-4倍。然
而,与疾病有关的确切微生物菌株和功能还需要进一步研究。
研究方法
对9名参与者(3个健康、3个非CAD的T2 DM患者、3个CAD的T2 DM患者)的样在PacBio Sequel II平台测序,并进行
宏基因组组装、分类和功能分析。
研究结果
揭示了T2 DM与健康肠道微生物区系在分类学和功能上的重要差异。此外,长HIFI序列的宏基因组组装使许多完整
的MAG和大量完整的环状细菌染色体序列得以恢复。
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基于PacBio测序平台,以特定生境中整个微生物群落为研究对象,不需要对微生物进行分离培养,而是提取环境样本中总DNA进行研究,它包含了可培养的和不可培养(99%)的微生物的基因,即环境中全部微小生物遗传物质的总和。能满足常规的微生物的物种分类研究、群落结构、系统进化和功能基因分析等。
案例1:案例. PacBio HiFi 数据对II型糖尿病肠道微生物区系的宏基因组分析揭示了分类学和功能上的差异
研究背景
在过去的十年里,越来越多的证据表明,人类微生物群在健康中发挥着重要作用。肠道微生物失衡似乎与II型糖尿病
(T2 DM)和心血管疾病有关,冠心病(CAD)是T2 DM患者长期预后的主要决定因素,当存在时死亡风险增加2-4倍。然
而,与疾病有关的确切微生物菌株和功能还需要进一步研究。
研究方法
对9名参与者(3个健康、3个非CAD的T2 DM患者、3个CAD的T2 DM患者)的样在PacBio Sequel II平台测序,并进行
宏基因组组装、分类和功能分析。
研究结果
揭示了T2 DM与健康肠道微生物区系在分类学和功能上的重要差异。此外,长HIFI序列的宏基因组组装使许多完整
的MAG和大量完整的环状细菌染色体序列得以恢复。