
- by 浩瑞研发
以PacBio公司的SMRT单分子实时测序技术为代表的三代测序技术,其测序读长远超Illumina等二代测序技术,可以对完整的mRNA直接进行从头测序,从而得到转录本的全长信息,准确获得mRNA的同源异构体、单碱基变异、可变剪接、同源基因、等位基因等信息。
案例1:前列腺癌转移中雄激素受体变异体 AR-V9 与 AR-V7 共表达并预测阿比特龙的抗性
研究背景:雄激素受体(Androgen receptor,AR)是正常前列腺细胞以及前列腺癌细胞中最主要的转录调节因子。临床上已将AR-V7作为一种生物标志物,并建立了监测和抑制AR-V7表达的方法。由于受二代测序读长的限制,无法对完整的AR及AR转录本异构体进行准确定量,为了解决这个瓶颈,明尼苏达大学的研究团队采用PacBio 单分子测序技术直接对全长转录本进行测序。
研究方法:作者采用3+2的测序策略,用Iso-Seq 分析AR-V9和AR-V7 的结构 ,用RNA-seq分析AR-V9和AR-V7在前列腺癌中的表达
研究结果: 首次发现和表征雄激素受体(AR)变异体 AR-Vs 的模型。先前认为仅存在于AR-V7中与可变剪切有关的外显子,同样存在于AR-V9 mRNA中;AR-V7和AR-V9通常在前列腺癌晚期患者中发生共表达;进一步明确了AR-V9 mRNA的高表达可作为预测前列腺癌对靶向药物abiraterone acetate发生抗性的生物标志物。

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以PacBio公司的SMRT单分子实时测序技术为代表的三代测序技术,其测序读长远超Illumina等二代测序技术,可以对完整的mRNA直接进行从头测序,从而得到转录本的全长信息,准确获得mRNA的同源异构体、单碱基变异、可变剪接、同源基因、等位基因等信息。
案例1:前列腺癌转移中雄激素受体变异体 AR-V9 与 AR-V7 共表达并预测阿比特龙的抗性
研究背景:雄激素受体(Androgen receptor,AR)是正常前列腺细胞以及前列腺癌细胞中最主要的转录调节因子。临床上已将AR-V7作为一种生物标志物,并建立了监测和抑制AR-V7表达的方法。由于受二代测序读长的限制,无法对完整的AR及AR转录本异构体进行准确定量,为了解决这个瓶颈,明尼苏达大学的研究团队采用PacBio 单分子测序技术直接对全长转录本进行测序。
研究方法:作者采用3+2的测序策略,用Iso-Seq 分析AR-V9和AR-V7 的结构 ,用RNA-seq分析AR-V9和AR-V7在前列腺癌中的表达
研究结果: 首次发现和表征雄激素受体(AR)变异体 AR-Vs 的模型。先前认为仅存在于AR-V7中与可变剪切有关的外显子,同样存在于AR-V9 mRNA中;AR-V7和AR-V9通常在前列腺癌晚期患者中发生共表达;进一步明确了AR-V9 mRNA的高表达可作为预测前列腺癌对靶向药物abiraterone acetate发生抗性的生物标志物。

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以PacBio公司的SMRT单分子实时测序技术为代表的三代测序技术,其测序读长远超Illumina等二代测序技术,可以对完整的mRNA直接进行从头测序,从而得到转录本的全长信息,准确获得mRNA的同源异构体、单碱基变异、可变剪接、同源基因、等位基因等信息。
案例1:前列腺癌转移中雄激素受体变异体 AR-V9 与 AR-V7 共表达并预测阿比特龙的抗性
研究背景:雄激素受体(Androgen receptor,AR)是正常前列腺细胞以及前列腺癌细胞中最主要的转录调节因子。临床上已将AR-V7作为一种生物标志物,并建立了监测和抑制AR-V7表达的方法。由于受二代测序读长的限制,无法对完整的AR及AR转录本异构体进行准确定量,为了解决这个瓶颈,明尼苏达大学的研究团队采用PacBio 单分子测序技术直接对全长转录本进行测序。
研究方法:作者采用3+2的测序策略,用Iso-Seq 分析AR-V9和AR-V7 的结构 ,用RNA-seq分析AR-V9和AR-V7在前列腺癌中的表达
研究结果: 首次发现和表征雄激素受体(AR)变异体 AR-Vs 的模型。先前认为仅存在于AR-V7中与可变剪切有关的外显子,同样存在于AR-V9 mRNA中;AR-V7和AR-V9通常在前列腺癌晚期患者中发生共表达;进一步明确了AR-V9 mRNA的高表达可作为预测前列腺癌对靶向药物abiraterone acetate发生抗性的生物标志物。