新品发布第二弹 | 移瑞优——以“高精准”技术优势解决单碱基突变导致的HLA分型错误

本实验样本为约翰霍普金斯医学院与费城儿童医院共同建立用于标准化HLA分型的细胞系样本NA17115。浩瑞基因通过三代单分子测序分型发现其中一个分型与美国团队提供的参考标准不一致，传统方法学NA17115样本的分型为DRB3*01:01纯合，而移瑞优三代单分子测序结果为DRB3*01:62:01纯合。

图1：DRB3*01:01与DRB3*01:62:01比对结果

通过比对DRB3*01:01与DRB3*01:62:01序列发现：

• ①号外显子区域存在错义突变c.74 G>C，该处单碱基的突变导致了氨基酸的变化（精氨酸变为脯氨酸）（详见图2）。

• ①、②号内含子区域存在4处差异，其中一个差异为TG重复，DRB3*01:01重复14次，DRB3*01:62:01重复16次（详见图1、图3标记处）。

图2：①号外显子差异

图3：②号内含子差异

通过进一步一代验证表明，①号外显子该突变位置反义链结果为G碱基（详见图4），②号内含子TG重复次数为16次（详见图5）。结合上述2种验证结果，证明该分型为DRB3*01:62:01，浩瑞基因移瑞优产品给出的结果正确。

图4：①号外显子测序结果

图5：②号内含子测序结果

同样，针对于内含子区域覆盖度不足的问题，来自安东尼·诺兰研究所的Thomas R. Turner等人^[1]于2022年对HLA内含子区域进行了深入研究，共鉴定出149个新等位基因，并向IMGT/HLA数据库提交了30个全长基因组序列。该结论进一步证实了研究HLA基因全长序列的必要性。

传统方法学因成本等因素往往不会覆盖HLA内含子区域，甚至不会覆盖HLA基因所有外显子，因此可能存在分型错误等系列问题。移瑞优产品囊括HLA 11个基因全长，以其“高精准”“长读长”的优势，解决了传统方法学带来的错判、漏判等问题，真正实现HLA分型“金标准”。

【参考文献】

[1]Turner TR, Hayward DR, Gymer AW, Barker DJ, Leen G, Cambridge CA, Macpherson HL, Georgiou X, Cooper MA, Lucas JAM, Nadeem D, Robinson J, Mayor NP, Marsh SGE. Widespread non-coding polymorphism in HLA class II genes of International HLA and Immunogenetics Workshop cell lines. HLA. 2022 Apr;99(4):328-356.

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